%--------------------------------------------------------------------------
%?????????????????????????????例9.1???系統聚類
%--------------------------------------------------------------------------

%******************************計算例9.1的距離矩陣*************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%例9.1中的觀測數據
y?=?pdist（x）????%計算樣品間歐氏距離
D?=?squareform（y）????%將距離向量轉為距離矩陣


%**************************根據原始數據創建系統聚類樹************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
Z?=?linkage（x?‘single‘?‘cityblock‘）????%利用最短距離法創建系統聚類樹


%***************************分步聚類，繪制聚類樹形圖*************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
y?=?pdist（x‘cityblock‘）;????%?計算樣品間絕對值距離
z?=?linkage（y）;????%?利用最短距離法創建系統聚類樹
%?設定每個觀測的標簽
obslabel?=?{‘G1?=?{1}‘;‘G2?=?{2}‘;‘G3?=?{6}‘;‘G4?=?{8}‘;‘G5?=?{11}‘};
%?創建聚類樹形圖，方向為從右至左，葉節點標簽在左邊
[HT]?=?dendrogram（z‘orientation‘‘Right‘‘labels‘obslabel）;
set（H‘LineWidth‘2‘Color‘‘k‘）????%?設置線寬為2，顏色為黑色
xlabel（‘并類距離‘）??????%?設定X軸標簽
text（1.11.65‘G6‘）????%?在點（1.11.65）處放置字符串‘G6‘
text（2.13.65‘G7‘）????%?在點（2.13.65）處放置字符串‘G7‘
text（3.14.4‘G8‘）?????%?在點（3.14.4）處放置字符串‘G8‘
text（4.13‘G9‘）???????%?在點（4.13）處放置字符串‘G9‘



%*******************計算7種系統聚類法對應的Cophenetic相關系數****************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
y?=?pdist（x‘cityblock‘）;????%?計算樣品間絕對值距離
%?定義元胞數組method，各元胞分別對應不同系統聚類法
method={‘average‘‘centroid‘‘complete‘‘median‘‘single‘‘ward‘‘weighted‘};
%?通過循環計算7種系統聚類法對應的Cophenetic相關系數
for?i?=?1:7
????Z?=?linkage（ymethod{i}）;????%?利用第i種系統聚類法創建聚類樹
????c（i）?=?cophenet（Zy）;????%?計算第i種系統聚類法對應的Cophenetic相關系數
end
c????%?查看Cophenetic相關系數值

Z?=?linkage（y?‘average‘）;????%?利用類平均法創建聚類樹
[c?d]?=?cophenet（Zy）????%?計算Cophenetic相關系數c和cophenetic距離向量d
RHO?=?corr（y‘d‘）????%?計算y和d的線性相關系數


%*************************調用cluster函數進行系統聚類************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
y?=?pdist（x‘cityblock‘）;????%?計算樣品間絕對值距離
z?=?linkage（y）;????%?利用最短距離法創建聚類樹
T?=?cluster（z‘maxclust‘3）????%?將原始樣品聚為3類


%***********************調用clusterdata函數進行系統聚類**********************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
T?=?clusterdata（x‘maxclust‘3）????%?將原始樣品聚為3類


%--------------------------------------------------------------------------
%???????????????????????????例9.1???K均值聚類
%--------------------------------------------------------------------------

x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
opts?=?statset（‘Display‘‘final‘）;????%?顯示每次聚類的最終結果
%?將原始的5個點聚為3類，距離采用絕對值距離，重復聚類5次，顯示每次聚類的最終結果
idx?=?kmeans（x3‘Distance‘‘city‘‘Replicates‘5‘Options‘opts）


%****************************繪制聚類輪廓圖*********************************
x?=?[1?2?6?8?11]‘;????%?例9.1中的觀測數據
%?將原始的5個點聚為3類，距離采用絕對值距離，重復聚類5次
idx?=?kmeans（x3‘Distance‘‘city‘‘Replicates‘5）;???
[S?H]?=?silhouette（xidx）????%?繪制輪廓圖，并返回輪廓值向量S和圖形句柄H

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
?????目錄???????????0??2017-09-02?23:39??聚類分析程序\
?????文件???????21504??2009-09-18?15:52??聚類分析程序\examp09_02.xls
?????文件???????16896??2009-09-24?20:54??聚類分析程序\examp09_03.xls
?????文件???????19456??2009-09-25?21:47??聚類分析程序\examp09_04.xls
?????文件???????20480??2009-12-05?16:41??聚類分析程序\examp09_05.xls
?????文件????????3348??2010-01-20?17:05??聚類分析程序\example09_01.m
?????文件????????1496??2010-05-13?02:36??聚類分析程序\example09_02.m
?????文件????????1020??2010-01-20?17:07??聚類分析程序\example09_03.m
?????文件????????1272??2010-01-20?17:07??聚類分析程序\example09_04.m
?????文件????????1226??2010-01-20?17:07??聚類分析程序\example09_05.m