#GC_N50.py
print?‘Python?and?Biopython?needed?for?running?this?script!‘
print?“script?for?calculating?N50?of?assembly“
fasta?=?raw_input（‘Enter?your?fasta/fa?name:?‘）
#?N50?calculation
baseSumLength=?0[]
ValueSumN50?=?00
no_cno_gno_ano_tno_n?=?00000
from?Bio?import?SeqIO
for?record?in?SeqIO.parse（open（fasta）?“fasta“）:
???baseSum?+=?len（record.seq）
???Length.append（len（record.seq））
???seq?=record.seq.lower（）
???no_c+=seq.count（‘c‘）
???no_g+=seq.count（‘g‘）
???no_a+=seq.count（‘a‘）
???no_t+=seq.count（‘t‘）
???no_n+=seq.count（‘n‘）
#N50?calcuation
N50_pos?=?baseSum?/?2.0????
Length.sort（）
Length.reverse（）????
for?value?in?Length:
???ValueSum?+=?value
???if?N50_pos?<=?ValueSum:
???????N50?=?value
???????break??
print?‘Sequences?NO.:‘+‘t‘+str（len（Length））
print?‘Sequences?Min.:‘+‘t‘+str（min（Length））
print?‘Sequences?Max.:‘+‘t‘+str（max（Length））
print?‘N50:?‘?+?str（N50）

?屬性????????????大小?????日期????時間???名稱
-----------?---------??----------?-----??----
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