Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/parsing_blast_result.pl [options] blast.out > blast.tab 對(duì)BLAST的xml或tab格式的結(jié)果進(jìn)行解析和過濾，得到更準(zhǔn)確的BLAST結(jié)果。結(jié)果為表格形式（BLAST outfmt6），結(jié)果按query序列的ID排序，每個(gè)query序列的比對(duì)結(jié)果按得分排序。 --type default: xml 設(shè)置輸入BLAST結(jié)果文件的類型。可以設(shè)置為xml或tab兩種類型。 若是tab格式，則BLAST結(jié)果中沒有query與subject的序列長度信息，默認(rèn)設(shè)置下無法使用--subject-coverage和--query-coverage參數(shù)的覆蓋率閾值對(duì)結(jié)果進(jìn)行過濾。在設(shè)置--db-subject輸入數(shù)據(jù)庫FASTA文件后可以使用--subject-coverage參數(shù)進(jìn)行過濾；在設(shè)置--db-query輸入query序列FASTA文件后可以使用--query-coverage參數(shù)進(jìn)行過濾。 若是xml格式，結(jié)果文件中包含query和subject長度信息，從而不需要使用--db-subject和--db-query參數(shù)輸入FASTA序列文件。 --no-header 添加該參數(shù)則不輸出表頭。 --max-hit-num default: 20 設(shè)置允許的最大hit數(shù)量。 --evalue default: 1e-5 設(shè)置HSP的evalue閾值。 --identity default: 0.05 設(shè)置HSP的identity閾值。 --CIP default: 0.2 設(shè)置cumulative identity percentage閾值（這里依然使用了比值，單位不是%，所以其值要設(shè)置不大于1，默認(rèn)值0.2表示20%閾值），對(duì)Hit進(jìn)行過濾。CIP = 所有HSPs的一致位點(diǎn)之和 / 所有HSPs的比對(duì)長度之和。 --subject-coverage default: 0.2 設(shè)置所有HSPs對(duì)subject序列總體的覆蓋率閾值。該參數(shù)閾值在文獻(xiàn)中也被稱為CALP（cumulative alignment length percentage），即 sum of all HSPs / subject length。 --db-subject 輸入數(shù)據(jù)庫的FASTA文件，以獲取subject序列長度信息。 --query-coverage default: 0.2 設(shè)置所有HSPs對(duì)query序列總體的覆蓋率閾值。該參數(shù)閾值在文獻(xiàn)中也被稱為CALP（cumulative alignment length percentage），即 sum of all HSPs / query length。 --db-query 輸入query序列的FASTA文件，以獲取query序列長度信息。 --percentage-of-top-bitscore default: 100 使用bitscore得分對(duì)hit進(jìn)行過濾，設(shè)置輸出hits的bitscore得分和最高得分相差不超過最高得分的百分?jǐn)?shù)。hit若有多個(gè)HSPs，則取最高的HSP得分作為hit的得分；若數(shù)據(jù)庫非常大，則推薦將設(shè)置該參數(shù)值設(shè)置為10，則能極大減少比對(duì)結(jié)果，保留最準(zhǔn)確的結(jié)果；若數(shù)據(jù)庫比較小，則推薦設(shè)置該參數(shù)值為50，或使用默認(rèn)值；使用該參數(shù)來減少比對(duì)結(jié)果，優(yōu)于僅使用最優(yōu)比對(duì)結(jié)果。 --HSP-num default: max 若一個(gè)hit有多個(gè)HSPs，該參數(shù)設(shè)置輸出得分指定數(shù)目個(gè)最高的HSPs。默認(rèn)輸出所有的HSPs。 --out-hit-confidence 添加該參數(shù)，則在表格結(jié)果第13、14和15列分別輸出Hit的CIP、CALP_query、CALP_subject值。 --suject-annotation 若--type參數(shù)的值是xml，添加該參數(shù)可以生效，則額外增加最后一列suject annotation注釋結(jié)果。